Outro problema enfretado por D. Pedro II foi a crise com a Igreja Católica.

A situação da Igreja Católica durante o Império

Durante todo o Império, a Igreja Católica foi uma das bases do governo, pois grande parte do clero ocupava altos cargos. Além disso, a Constituição de 1824 havia instaurado no Brasil a união entre Igreja e Estado. Era o regime do padroado, isto é, o Imperador tinha o poder de nomear os bispos, exercendo controle sobre a Igreja. Ele ficava encarregado de sustentar o clero, pagando seus salários, patrocinando construções de igrejas, etc.

Imperador X Igreja - A crise

A crise se agravou em 1864. O papa Pio IX, através da bula Syllabus, proibiu a permanência de membros da maçonaria nos quadros da Igreja. Com isso o papa desejava limitar o poder paralelo que representava a maçonaria no Brasil.

Um impasse surgiu:

a quem o clero deveria obedecer?

Ao Imperador ou ao Vaticano?

Alguns bispos permaneceram fiéis ao imperador, porém os bispos de Olinda (D. Vidal de Oliveira) e o de Belém (D. Antônio de Macedo) expulsaram de suas dioceses os padres envolvidos com a maçonaria. O imperador não gostou, puniu esses bispos e condenou-os à prisão com trabalhos forçados. Tal fato provocou revolta nos meios eclesiásticos brasileiros. Os problemas da monarquia se agravavam, e o imperador não poderia mais contar com o apoio da Igreja Católica.

A situação do imperador, que já não era boa, piorou.... Estávamos a um passo da República...